九寨沟的藏族同胞信仰苯教。公元前二世纪，西藏的苯教传到了九寨沟所在的阿坝地区，与当时原始的巫教结合。公元6世纪，苯教在这一地区大为盛行；7世纪，藏传佛教传入，与苯教发生冲突，因为苯教在这一地区的信众众多，基础坚实，才没有完全退出历史舞台，而发展成为藏传佛教的一个派别，形成了独特的宗教文化景观。直到今天，整个阿坝藏族羌族自治州仍然
保存有60座苯教寺庙。 嘛尼堆 在九寨沟景区里，游客常可见到堆积在十字路口、湖边和村寨的出入口处的刻有经文的石头或神箭（木制的各种兵器），堆上还插有经幡，这就是“嘛尼堆”，九寨沟藏区称为“牙则”。“牙则”是原始苯教山神崇拜的具体体现，它不是因佛教传入藏区而传入高原的，但是藏传佛教则完全继承了通过建立“牙则”来祭祀山神的这一苯教的古老习俗。